هنگام ثبت AER مشكلاتي پيش مي آيد كه ممكن است به طرق گوناگوني باشد سمعک نامرئی Troubleshoding يعني شناسايي و سعي در حل اين مشكلات. اين مشكلات به صور گوناگوني رخ مي دهند كه در ادامه به آنها مي پردازيم.

ويژگيهاي فردي: (Subject characteristics)
هنگاميكه كيفيت AEP كمتر از حد مطلوب است، تاثير يك يا بيشتر از عوامل فردي را بايد دخيل دانست و بررسي كرد. اين نكات عمومي در مورد ويژگيهاي فردي مهم هستند:
- سن: سن كم (دركودكان) بر همه امواج AEP به جز Ecochg تاثير مي گذارد. با افزايش سن (بالاي 50 سال) ابتدا P300 متاثر مي شود.
- جنسيت: (Gender) تفاوتهاي جنسي در AEP اغلب در ABR اهميت دارند.
- درجه حرارت بدن: هيپوترميا و هيپرترميا، (درجه حرارت پايين و بالاي بدن) بيشترين تاثير را بر امواج با زمان نهفتگي كوتاه دارند.
- سطح هوشياري: تاثير سطح هوشياري سمعک استارکی بر AER با زمان نهفتگي طولاني تر، بيشتر است.
- آرتيفكت عضلاني: آرتيفكت هاي عضلاني مي تواند مزاحم ثبت هرگونه AER باشد اما اين پديده در ارزيابي AMLR برجسته تر (مهم تر) است.
- حساسيت شنوايي: كاهش شنوايي بر هر AER اثر مي گذارد ليكن كاهش شنوايي در فركانسهاي بالا مخصوصا بر ثبت Ecochg و ABR موثر است.
- داروها: داروهاي موثر بر سيستم عصبي مركزي (مثلا خواب آورها، داروهاي بيهوش كننده) بيشترين تاثير را بر پاسخهاي برانگيخته با زمان طولاني كه خاستگاه آنها قشر مغز است مي گذارند و واقعا تاثيري بر ABR و Ecochg ندارند.

تداخل الكتريكي Electrical Interference
از آنجا كه ارزيابي AER شامل تعيين رخدادهاي الكتريكي بسيار ضعيف (چندين ميكروولت يا كمتر) در گوش، عصب شنوايي يا مغز، با استفاده از الكترودهايي كه معمولا روي سطح جمجمه قرار مي گيرند مي باشد، اينكه تداخل الكتريكي، يك مشكل اساسي در اين فرآيند باشد، شگفت آور نيست. الكترودهاي سطحي، فعاليت الكتريكي خارج از مغز را كه ناشي از فعاليت الكتريكي داخل سر است، ثبت مي نمايند. در حقيقت فعاليت الكتريكي خارجي ناخواسته، ممكن است برجسته تر باشد. خوشبختانه، هنگاميكه هر الكترود در يك جفت، آرتيفكت هاي الكتريكي مشابهي را ثبت مي كند، در طي فرآيند تقويت تفاضلي اين آرتيفكت ها حذف خواهند شد. مشكل هنگامي ايجاد مي شود سمعک اتیکن كه چنين آرتيفكتي بيشتر توسط يك الكترود ثبت گردد. مشكل ديگر در زمينه تداخل هاي الكتريكي، هنگام ثبت AER مقدار تقويتي است كه براي پردازش پاسخ لازم است. قبل از اينكه يك فعاليت الكتروفيزيولوژيك كه كمتر از يك ميليونيم ولت است، بتواند پردازش و ‌آناليز شود، مي بايست بيش از 100000 بار تقويت شود.
اين تقويت، نه تنها مشكل فعاليت الكتريكي خارجي را كه توسط الكترودها، ثبت شده افزايش مي دهد بلكه نويز الكتريكي ناشي از مدار تقويت كننده را به موج AER منتقل مي كند. اگر چه ميزان اين نويز در دستگاه هاي مختلف متفاوت است.
نهايتا مبدل هايي كه محرك آكوستيكي لازم براي برانگيختن AER را ايجاد مي كنند، ابزار الكترومغناطيسي هستند كه در حقيقت خود منبع آرتيفكت الكتريكي، به شمار مي آيند. كه البته اين پديده نيز در دستگاه هاي گوناگون متفاوت است.